今天用BWA处理一个重测序数据,用了下面这条命令

nohup bwa mem -t 8 ~/zjf/ara11/TAIR10_Chr.all.fasta BN4-218_HW3TLCCXX_L3_1.clean.fq BN4-218_HW3TLCCXX_L3_2.clean.fq > me_pe.sam &

原本担心终端掉线导致运行终止,所以用上了nohup命令。没有想到的是末尾的>符号是个大大的陷阱!这会把运行过程中的log信息都写到输出文件里。这个大于号本身不是给nohup用的,而是bwa的一部分!这就是偷懒copy-paste别人命令的悲剧。最后的结果就是,生成的sam文件(30多G)里到处都是log的碎片字串。用samtools调试了一下午才终于意识到这个问题,我是有多愚蠢。。可悲的是一开始居然花费大量时间企图把这些‘刺’都拔掉,直到我发现不仅仅是文件的开头有这些log信息。不过这个过程也google到了一个有用的技巧

$ tail -n +{x} file > newfile

用它删掉文件的前x-1行确实比sed命令要快。

气温回升,日照变长,大自然像变戏法一样展现着勃勃生机。经历我在北京的第一个春天,远没有想象中的那么糟糕。特别是漫天飞舞的柳絮,婴儿肌肤般清凉的春风都是以前不曾遇到过的。年后天气一直不错,除了偶尔几天雾霾比较严重,基本都是阳光灿烂的日子,却也没下过一滴雨。听说这阵子南方雨一直下个不停,完全没有了『春雨贵如油』的意境了好嘛。

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NCBI又开始不定时抽风,还好让我找到了神器————SequenceServer,作为local blast的前端工具,无论是功能还是UI都已经做的相当nice了。记录下在win10下安装它的过程。

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Mist主题瘦身计划之精简图标包。全套fontawesome字体几乎占到了整个主页流量的一半,对于够用党加强迫症来说完全不能忍。哼。但是很可惜,定制化的fontawesome是收费的,所以下面就自食其力。

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名校就是不一样,校园网居然按流量收费,而且每月还有上限!所以想下电影只能在出租房用一两百K的小水管慢慢挤了;( 可平时也就回去睡个觉,根本没机会下载啊摔。所以顺理成章的开始折腾我的720N~。所以就有了openwrt无人值守下载百度云

配置openwrt

首先下好aria2,修改防火墙规则(wan入站改为accept),使用命令测试

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